Теңестіру ұпайы қалай есептеледі?
Теңестіру ұпайы қалай есептеледі?

Бейне: Теңестіру ұпайы қалай есептеледі?

Бейне: Теңестіру ұпайы қалай есептеледі?
Бейне: ЖАҢА ҚҰПИЯ ОҚИҒА ҚАЗІР Ашық! RAVING MOON: DIABLO ӨЛІМСІЗ ОҚИҒА 2024, Қараша
Anonim

The Гол бір туралау , S, есептелген ауыстыру мен алшақтық қосындысы ретінде ұпайлар . Ауыстыру ұпайлар іздеу кестесі арқылы беріледі (PAM, BLOSUM қараңыз). Саңылау ұпайлар әдетте болып табылады есептелген G, саңылау ашу айыппұлы және L, аралықты ұзарту айыппұлының қосындысы ретінде. Ұзындығы n саңылау үшін алшақтық құны G+Ln болады.

Сәйкесінше, теңестіру ұпайы дегеніміз не?

Оңтайлы туралау және теңестіру ұпайы Оңтайлы туралау болып табылады туралау ең жоғары беру Гол , және теңестіру ұпайы бұл ең жоғары Гол . Яғни, теңестіру ұпайы X және Y = the Гол оңтайлы бойынша X және Y туралау . Мысалы, теңестіру ұпайы келесі X және Y саны 36.

Жоғарыда көрсетілгеннен басқа, ретті туралау қалай жұмыс істейді? Биоинформатикада а реттілігі ұйымдастыру тәсілі болып табылады тізбектер арасындағы функционалдық, құрылымдық немесе эволюциялық қатынастардың салдары болуы мүмкін ұқсастық аймақтарын анықтау үшін ДНҚ, РНҚ немесе ақуыз тізбектер.

Сонымен, биоинформатикадағы балл дегеніміз не?

Тізбекті туралау контекстінде, a Гол туралаудың жалпы сапасын сипаттайтын сандық мән болып табылады. Жоғары сандар жоғарырақ ұқсастыққа сәйкес келеді. The Гол масштабына байланысты ұпай жинау пайдаланылған жүйе (алмастыру матрицасы, спос пенальти).

Тізбекті туралаудағы оңтайлы туралау дегеніміз не?

The оңтайлы теңестіру екі ақуыздан тұрады тізбектер болып табылады туралау бұл енгізілген олқылықтар үшін айыппұлды алып тастағандағы жұп ұпайларының қосындысын барынша арттырады. Динамикалық бағдарламалау мүмкіндік береді оңтайлы теңестіру екіден тізбектер қадамдар реті бойынша табуға болады, мұндағы m және n - ұзындығы тізбектер.

Ұсынылған: