Контигтер тіректерге қалай жиналады?
Контигтер тіректерге қалай жиналады?
Anonim

Геном жобасын жасау кезінде ДНҚ-ның жеке оқулары бірінші орында контигтерге жиналады , олардың табиғаты бойынша құрастыру , олардың арасында бос орындар бар. Келесі қадам дейін содан кейін олардың арасындағы алшақтықты толтырыңыз дейін жалғасады жасау а тірек . Мұны оптикалық салыстыру немесе жұптық реттілік арқылы жасауға болады.

Сол сияқты, сіз контигтер мен тіректер дегеніміз не?

А тірек соңғы реттелген тұтас геномды шолақ мылтық клондарынан қалпына келтірілген геном тізбегінің бөлігі болып табылады. Орандар тұрады контигтер және бос орындар. А контиг - негіздердің реті жоғары сенімділік деңгейіне дейін белгілі болатын геномдық тізбектің сабақтас ұзындығы. Кейбір жағдайларда, тіректер қабаттасуы мүмкін.

Сондай-ақ, биоинформатикадағы контиг дегеніміз не? А контиг (іргелестен) - ДНҚ-ның консенсус аймағын білдіретін қабаттасатын ДНҚ сегменттерінің жиынтығы. Контигтер осылайша, контекстке байланысты бір-біріне сәйкес келетін ДНҚ тізбегіне де, клондардағы қабаттасатын физикалық сегменттерге де (фрагменттерге) сілтеме жасай алады.

Осыған байланысты контигтер қалай құрастырылады?

ДНҚ фрагменттерінің қабаттасатын ДНҚ тізбегінің жиынтығы a ретінде белгілі контиг . Контиг картаға түсіру - қабаттасатын клондар болатын процесс жиналған осы қабаттасуды реттілікке келтіру үшін. Бұл ұйымдастыруды қамтиды контигтер реті мен бағдары бойынша. Клондау контигтер автоматты түрде болуы мүмкін жиналған олардың BAC-соңындағы тізбектерін пайдалану.

Неліктен контигтер маңызды?

Контиг құрастыру болып табылады маңызды геномды құрастыру сатысы. Карталау үшін қабаттасатын клондар бір-біріне сәйкес келетін реттілікке жиналады. Әрбір фрагмент векторда клондалады және шамамен 600-700 бит реттілік ұзындығын алу үшін екі ұшынан реттелген. ДНҚ фрагментінің екі ұшынан келетін тізбек жұп ұш деп аталады.

Ұсынылған: